DOQ

Nederlandse Nature-publicatie naar whole-genome-sequentie-anAlyse van SARS-CoV-2

Door een combinatie van een bijna real-time whole-genome-sequentie-analyse en de evaluatie van epidemiologische gegevens kon de SARS-CoV-2-transmissie in Nederland op betrouwbare wijze vastgesteld worden. Dat vergemakkelijkte de vroege besluitvorming om de lokale transmissie van SARS-CoV-2 in Nederland onder controle te krijgen. In een recent artikel in Nature Medicine staat beschreven hoe deze gegevens zijn gegenereerd en geanalyseerd. 

Whole-genome sequencing (WGS) is een krachtig hulpmiddel om de dynamiek van uitbraken te begrijpen en om informatie te verschaffen voor het beleid. Zo is real-time WGS gebruikt tijdens de ebola-uitbraak in West-Afrika in de periode 2014-2016. Tegenwoordig is het advies om tijdens uitbraken deze gegevens zo snel mogelijk te delen en te analyseren.

(bron foto pixabay)

Vereisten en eerdere uitbraken

Voor de haalbaarheid van real-time WGS zijn enkele zaken vereist: toegang tot sequentieplatforms die betrouwbare sequenties bieden, toegang tot metadata voor de interpretatie en een snelle en goedkope data-analyse. 

Vanwege het gebruiksgemak en de relatief lage opstartkosten is nanopore-sequencing gebruikt tijdens uitbraken van het Usutu-, Ebola-, Zika- en gele koorts-virus. De robuustheid van deze methode is onlangs gevalideerd voor de analyse van het Usutu-virus.

Beloop van Covid-19 in Nederland

Het eerste geval van een SARS-CoV-2-infectie in Nederland werd op 27 februari 2020 vastgesteld bij iemand die onlangs in Italië was geweest. Daarbij werd bijna real-time WGS uitgevoerd met behulp van een amplicon-gebaseerde sequencing-aanpak. 

Een dag later werd het tweede geval geïdentificeerd, ook bij iemand die onlangs in Italië was geweest. Bij genoomanalyse bleken deze twee virussen afkomstig te zijn uit verschillende clusters in de fylogenetische boom. Dit betreffen dus afzonderlijke introducties van het virus in Nederland.

Sinds 24 februari wordt geadviseerd om opgenomen patiënten met ernstige respiratoire infectie, te testen op het SARS-CoV-2-virus. Deze diagnostiek is geschaald om mogelijke lokale transmissieketens te identificeren. Vanaf 9 maart kwamen lokale clusters van epidemiologisch gerelateerde gevallen van SARS-CoV-2 in Noord-Brabant aan het licht. Deze clusters zijn veroorzaakt door verschillende co-circulerende virussen, waarschijnlijk door meerdere introducties van het virus na skivakanties in Noord-Italië tijdens de voorjaarsvakantie. 

Strengere maatregelen

In de periode daarna zijn clusters geïdentificeerd van patiënten zonder reisgeschiedenis, ook buiten Noord-Brabant. Deze informatie, gecombineerd met de toename van het totale aantal infecties in Nederland, leidde tot het besluit om strengere maatregelen te nemen voor het hele land. Alle evenementen met meer dan 100 aanwezigen werden afgelast, mensen werd verzocht zoveel mogelijk vanuit huis te werken en mensen met symptomen, zoals koorts of hoesten, moesten thuisblijven. Op 15 maart volgde de sluiting van scholen, horeca en sportclubs.

Op 15 maart werden 189 SARS-CoV-2-virussen uit Nederland gesequenced, op dat moment goed voor 27,1% van het totale aantal wereldwijd geproduceerde volledige genoomsequenties. De in Nederland gedetecteerde sequenties toonden de aanwezigheid van meerdere co-circulerende sequentietypen, gevonden in verschillende clusters in de fylogenetische boom. 

Verdere verspreiding

Naast reisgerelateerde gevallen werd een toenemend aantal lokale gevallen ontdekt door middel van surveillance van ernstige acute luchtweginfecties. Dit bleef niet beperkt tot de provincie Noord-Brabant, maar SARS-CoV-2 nam ook toe in andere provincies. Dat bevestigde de substantiële onderdiagnostiek van de epidemie. 

De toename van het aantal Covid-19-patiënten en het aantal getroffen regio’s en het optreden van lokale clusters ondersteunden het beleid om de bewegingsvrijheid van mensen te beperken.


Oude Munnink BB, Nieuwenhuijse DF, Stein M, et al. Rapid SARS-CoV-2 whole-genome sequencing and analysis for informed public health decision-making in the Netherlands. Nat Med. 2020 Jul 16. https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/32678356/

Lees meer over:


Voor u geselecteerde artikelen

Minder administratie, beter contact

AI kan artsen ondersteunen door administratieve lasten te verlichten, ziet Juliën Rezek. Transcriptietools maken automatisch verslagen, waardoor artsen meer tijd hebben voor patiënten. “Hierdoor kunnen artsen dieper ingaan op klachten, wat resulteert in betere zorg.”

‘Laten we allemaal één stapje in elkaars domein zetten’

Zorgverleners hebben nog onvoldoende oog voor het verband tussen mentale klachten, hormonale klachten en hart- en vaatziekten bij vrouwen, aldus Sandra Kooij. Meer samenwerking tussen verschillende disciplines is nodig. “Kijk bij elkaar mee. Geef elkaar advies.”

Casus: oudere patiënte met reukproblemen

Op het spreekuur komt een 70-jarige vrouw in verband met problemen met ruiken. De problemen zijn enkele jaren eerder gestart. Initieel met minder goed ruiken (hyposmie), sinds een half jaar worden geuren steeds vaker als vies ervaren (kakosmie). Wat is uw diagnose?

Casus: man met klachten in de bovenbuik

Een man heeft in toenemende mate klachten van pijn in de bovenbuik. De pijn is zeurend en soms stekend en zit middenin de buik. Wat is uw diagnose?

Van tropenarts naar huisarts op Texel

Josine Blanksma werkte jarenlang als tropenarts voor Artsen zonder Grenzen en is een paar jaar geleden een nieuw avontuur aangegaan: ze werkt nu als huisarts op Texel. “Mijn nieuwe carrièrepad is heus niet minder uitdagend te noemen.”

‘Ik kan niet wachten op de eerste geprinte lasagne’

Ineke Obbema werkt met 3D-geprinte maaltijden voor mensen met slikproblemen bij het Máxima MC. De herkenbare vormen en verbeterde smaak bieden een opvallend alternatief voor traditionele gemalen voeding. “Je kunt meteen proeven dat er een chef-kok achter zit.”

Klimaatimpact onderzoeken voor een heel zorgpad

Lisanne Kouwenberg doet onderzoek naar de milieu-impact van zorgpaden. Dat kan aangrijpingspunten opleveren voor het verlagen van de klimaatimpact. “De meeste studies kijken naar één behandeling. Maar daar zit een heel traject omheen dat er ook aan bijdraagt.”

Help patiënten te stoppen met roken: ‘Minder zenden en meer interacteren’

Marieke Helmus combineert kunst en innovatie om het gesprek over stoppen met roken te starten. Met tools zoals een ‘Chat met je sigaret’-chatbot en humoristische ansichtkaarten helpt ze moeilijk bereikbare groepen om na te denken over hun rookgedrag.

Is er een dokter aan boord?

Wat doe je als er in een vliegtuig om een arts wordt gevraagd? Huisarts en luchtvaartgeneeskundige Peter Nijhof legt uit hoe medische noodgevallen in de lucht worden aangepakt, van de rol van artsen en cabinepersoneel tot het gebruik van medische kits en noodlandingen.

‘Stress verdient centrale plek in het consult’

Chronische stress, vaak gekoppeld aan sociale problemen, kan gezondheidsklachten veroorzaken. Feia Hemke pleit voor meer aandacht hiervoor in de spreekkamer en ontwikkelde tools om dit bespreekbaar te maken. “Hierdoor voorkom je onnodige medicalisering.”