DOQ

Nederlandse Nature-publicatie naar whole-genome-sequentie-anAlyse van SARS-CoV-2

Redactioneel
11 augustus 2020

Door een combinatie van een bijna real-time whole-genome-sequentie-analyse en de evaluatie van epidemiologische gegevens kon de SARS-CoV-2-transmissie in Nederland op betrouwbare wijze vastgesteld worden. Dat vergemakkelijkte de vroege besluitvorming om de lokale transmissie van SARS-CoV-2 in Nederland onder controle te krijgen. In een recent artikel in Nature Medicine staat beschreven hoe deze gegevens zijn gegenereerd en geanalyseerd. 

Whole-genome sequencing (WGS) is een krachtig hulpmiddel om de dynamiek van uitbraken te begrijpen en om informatie te verschaffen voor het beleid. Zo is real-time WGS gebruikt tijdens de ebola-uitbraak in West-Afrika in de periode 2014-2016. Tegenwoordig is het advies om tijdens uitbraken deze gegevens zo snel mogelijk te delen en te analyseren.

(bron foto pixabay)

Vereisten en eerdere uitbraken

Voor de haalbaarheid van real-time WGS zijn enkele zaken vereist: toegang tot sequentieplatforms die betrouwbare sequenties bieden, toegang tot metadata voor de interpretatie en een snelle en goedkope data-analyse. 

Vanwege het gebruiksgemak en de relatief lage opstartkosten is nanopore-sequencing gebruikt tijdens uitbraken van het Usutu-, Ebola-, Zika- en gele koorts-virus. De robuustheid van deze methode is onlangs gevalideerd voor de analyse van het Usutu-virus.

Beloop van Covid-19 in Nederland

Het eerste geval van een SARS-CoV-2-infectie in Nederland werd op 27 februari 2020 vastgesteld bij iemand die onlangs in Italië was geweest. Daarbij werd bijna real-time WGS uitgevoerd met behulp van een amplicon-gebaseerde sequencing-aanpak. 

Een dag later werd het tweede geval geïdentificeerd, ook bij iemand die onlangs in Italië was geweest. Bij genoomanalyse bleken deze twee virussen afkomstig te zijn uit verschillende clusters in de fylogenetische boom. Dit betreffen dus afzonderlijke introducties van het virus in Nederland.

Sinds 24 februari wordt geadviseerd om opgenomen patiënten met ernstige respiratoire infectie, te testen op het SARS-CoV-2-virus. Deze diagnostiek is geschaald om mogelijke lokale transmissieketens te identificeren. Vanaf 9 maart kwamen lokale clusters van epidemiologisch gerelateerde gevallen van SARS-CoV-2 in Noord-Brabant aan het licht. Deze clusters zijn veroorzaakt door verschillende co-circulerende virussen, waarschijnlijk door meerdere introducties van het virus na skivakanties in Noord-Italië tijdens de voorjaarsvakantie. 

Strengere maatregelen

In de periode daarna zijn clusters geïdentificeerd van patiënten zonder reisgeschiedenis, ook buiten Noord-Brabant. Deze informatie, gecombineerd met de toename van het totale aantal infecties in Nederland, leidde tot het besluit om strengere maatregelen te nemen voor het hele land. Alle evenementen met meer dan 100 aanwezigen werden afgelast, mensen werd verzocht zoveel mogelijk vanuit huis te werken en mensen met symptomen, zoals koorts of hoesten, moesten thuisblijven. Op 15 maart volgde de sluiting van scholen, horeca en sportclubs.

Op 15 maart werden 189 SARS-CoV-2-virussen uit Nederland gesequenced, op dat moment goed voor 27,1% van het totale aantal wereldwijd geproduceerde volledige genoomsequenties. De in Nederland gedetecteerde sequenties toonden de aanwezigheid van meerdere co-circulerende sequentietypen, gevonden in verschillende clusters in de fylogenetische boom. 

Verdere verspreiding

Naast reisgerelateerde gevallen werd een toenemend aantal lokale gevallen ontdekt door middel van surveillance van ernstige acute luchtweginfecties. Dit bleef niet beperkt tot de provincie Noord-Brabant, maar SARS-CoV-2 nam ook toe in andere provincies. Dat bevestigde de substantiële onderdiagnostiek van de epidemie. 

De toename van het aantal Covid-19-patiënten en het aantal getroffen regio’s en het optreden van lokale clusters ondersteunden het beleid om de bewegingsvrijheid van mensen te beperken.

Oude Munnink BB, Nieuwenhuijse DF, Stein M, et al. Rapid SARS-CoV-2 whole-genome sequencing and analysis for informed public health decision-making in the Netherlands. Nat Med. 2020 Jul 16. https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/32678356/

Lees meer over:
Interne geneeskundeRapid SARS-CoV-2 whole-genome sequencing and analysis for informed public health decision-making in the NetherlandsSARS-CoV-2-transmissieWhole-genome-sequentiebepaling

Meld u gratis aan

Al 17.000 zorgprofessionals gingen u voor. Meld u gratis aan en krijg toegang tot alle artikelen.

Praat mee

“Voorheen werd gedacht dat een slechtnieuwsgesprek altijd in de spreekkamer moest”
Martijn Stommel
Gastro-intestinaal/oncologisch chirurg

Populaire artikelen

‘Waarom een patiënt rondrijden als hij zelf kan lopen?’

‘Niet zelden krijgen vrouwen te horen dat het tussen de oren zit’

Het Calamiteiten­­hospi­taal: in dertig minuten opera­tioneel na een ramp 

Voor u geselecteerde artikelen

‘Wil je het komende jaar zwanger worden?’

De vraag ‘Wil je het komend jaar zwanger worden?’ zou veel vaker gesteld moeten worden door álle hulpverleners, stelt Annemarie Mulders. “Gezond zwanger worden begint bij bewustwording en kennis over het belang van de periode vóór de zwangerschap.”

Casus: vrouw met kleine rode puntjes in de huid

Een vrouw komt met kleine rode puntjes in de huid van vooral de benen. De klachten zijn ontstaan na een keelinfectie, circa 2 weken geleden. Een week geleden heeft zij zich minimaal gestoten en had zij daarna een groot hematoom op het bovenbeen. Wat is uw diagnose?

‘Arbeids­gerichte zorg hoort in de spreekkamer van medisch specia­listen’

Gezonde arbeidsparticipatie is óók een zaak van de medisch specialist, betoogt Annelies Boonen, initiatiefnemer van de poli Werk en Gezondheid. Hier kunnen patiënten terecht met vragen over werk en inkomen. “Vraag je patiënt naar zijn of haar werk!”

Geheugen­problemen herkennen blijkt niet zo eenvoudig

Van maar liefst 42% van hun oudere patiënten hebben artsen en verpleegkundigen niet door dat ze geheugenproblemen hebben, ontdekte Fleur Visser. Ze wil hier een advies over meegeven aan zorgverleners. “Eerste indrukken kunnen je op het verkeerde been zetten.”

Voorkom voorschrijf­cascades: ‘aandoening’ kan bijwerking medicatie zijn

Een niet-herkende bijwerking van medicatie kan als vermeende nieuwe aandoening leiden tot inzet van nieuwe medicatie: een zogeheten voorschrijfcascade. Fatma Karapinar: “Voorschrijfcascades drukken ons met de neus op de feiten: we weten nog weinig over bijwerkingen.”

Casus: 77-jarige vrouw met korstjes op de oorrand

Een 77-jarige vrouw met voorgeschiedenis van plaveiselcelcarcinoom komt op het spreekuur van de doktersassistente omdat ze korstjes op haar oorrand wil laten aanstippen. Ze heeft geen klachten van de afwijking. Wat is uw diagnose?

‘Minder onnodige diagnostiek is goed voor patiënt en maatschappij’

In ziekenhuizen vindt veel onnodige diagnostiek plaats. Eerst goed luisteren en nadenken en dan pas diagnostiek aanvragen, loont voor zowel patiënt als de maatschappij, betoogt Fabienne Ropers. “Enige risicoacceptatie is noodzakelijk voor proportionele diagnostiek.”

Zorgsysteem staat vaak initiatieven voor multimorbiditeit in de weg

Multimorbiditeit leidt tot versplintering van zorg. Toine Remers onderzocht enkele veelbelovende initiatieven voor het stroomlijnen van de zorg bij multimorbiditeit. “Een initiatief begint vaak vanuit overtuiging van een arts, maar ‘het systeem’ werkt vaak tegen.”

De lessen van de langst­vliegende MMT-arts van Nederland

MMT-arts Nico Hoogerwerf vertelt over zijn ervaringen als medisch specialistische zorgverlener per helikopter. “Wij dóen vooral, we voeren handelingen uit. Wij voelen niet de machteloosheid die politiemensen wel kunnen voelen.”

Casus: patiënt met zwelling in de mond

Een patiënte komt op het spreekuur met sinds 2 maanden een zwelling in de mond aan de linkerzijde. Het was destijds 1-2cm, welke spontaan ontlastte met dik taai slijm. Sindsdien komt het in wisselende grootte regelmatig terug. Wat is uw diagnose?

Bewaren

Log in om uw persoonlijke bookmarks op te kunnen slaan.

Herinner mij later

Delen artikel

Of kopieer de link

0
Laat een reactie achterx